Sehingga terpecah belahkan konfrontasi aktivis yang pro integrasi dengan kelompok yang pro kemerdekaan, keduanya mengadakan pertemuan di Gereja Motael.
Salah satu anggota kelompok pro integrasi bernama Afonso Henriques, dinyatakan tewas dalam perkelahian.
Kemudian anggota kelompok pro kemerdekaan, bernama Sebastiao Gomes tewas tertembak tentara Indonesia.
Pada tanggal 12 November 1991, mereka melakukan protes terhadap pemerintah Indonesia karena proses penguburan terhadap Sebastiao Gomes.
Tetapi ketika masuk ke area pemakaman, mereka justru ditembak oleh kelompok pasukan Indonesia.
Akibat insiden ini, 271 orang tewas, 382 orang luka-luka, dan 250 orang mengilang.
Pembantaian yang memilukan ini berhasil terekam oleh Max Stehl, serta disaksikan secara langsung oleh dua orang jurnalis Amerika Serikat bernama Allan Naim dan Amy Goodman.
Video ini kemudian dijadikan film dokumenter, dengan judul In Cold Blood: The Massacre of East Timor.
3. Kerusuhan Di Sampit 2001